肛瘘治疗早期最好是用内科疗法，通过扩大外口，引流并按时换药，每日温水坐浴热敷和理疗，全身给予应用抗菌药物，进行抗感染治疗，保持排便通畅，一部分病例可得到治愈，发病一般，六到十二个月的慢性肛瘘行手术治疗，手术治疗一，瘘管切除手术，一般有外口直入探针，并找寻内口。如果找不到内口，可在黏膜最薄处，以探真为引导，切开皮肤，皮下及漏管壁，那就是挂线疗法，一般虚直入探针有那口穿出，橡皮筋然后迁出进行线的结扎，然后慢性切割。