治疗肛瘘，可以通过药物治疗，控制感染，减轻症状，控制病情的发展，可以口服中药，比如托里消毒饮，起到托里透毒的作用，还可以口服青蒿鳖甲汤，起到养阴清热的作用。还可以应用一些中成药物，比如补中益气丸，增强机体的免疫力，增强机体的抗病能力。还可以应用一些西药治疗，用于肛瘘急性感染期，可以应用针对革兰阴性菌的抗生素和广谱抗生素，还可以应用抗厌氧菌的药物，比如甲硝唑或替硝唑等治疗。如果想彻底的根除肛瘘，应当积极的行手术治疗，根据瘘管位置的高低，选择不同的手术方式，可以行肛瘘切除术，也可以行高位肛瘘切开挂线治疗。以上方案仅供参考，具体药品使用请结合自身情况在专业医生指导下用药。