引起女性月经期间肛门疼痛的原因有以下方面：第一，可能是因为月经期间雌孕激素分泌引起的盆底周围组织的充血肿胀，引起的肛门疼痛。第二，可能是因为内膜的脱落刺激，引起前列腺素分泌的增多，而前列腺素会引起盆底平滑肌的收缩，就会引起女性下腹坠痛，肛门周围肿胀疼痛的症状。第三，要考虑是否有子宫内膜的异位症，这些内膜异位到了盆底的组织，会引起局部的组织充血明显，容易引起痛经以及其他部位的疼痛的症状。