输尿管软镜手术术后一般不会有什么后遗症的。做手术术后有可能因为麻醉药的关系会造成胃肠道的功能紊乱，有部分患者会出现恶心、呕吐、食欲下降等等情况。另外，输尿管软镜手术它有可能会造成输尿管的水肿或者血块堵塞所引起输尿管的损伤，甚至有部分患者会出现泌尿系统感染的相关的症状。这种情况只需要抗生素抗感染治疗就可以，在临床上多选用喹诺酮类抗生素以及头孢菌素类抗生素。一般来说也不会有后遗症的，除非是做输尿管软镜手术的时候对周围的脏器出现损伤，甚至捅破肠管，有可能会造成肠瘘等严重的并发症，但这种情况的发生率是极低的。