头皮上长小红疙瘩，需要根据疾病的具体性质进行治疗。毛囊炎导致的头皮上长小红疙瘩，可以考虑做病原学检查，确定感染的性质。真菌感染引起的，使用唑类抗真菌药物进行治疗；普通细菌感染引起的，使用大环内酯类衍生物、硝基咪唑类药物进行抗感染治疗。因过敏反应导致的小红疙瘩，面积局限的可以外涂能够减轻过敏性炎症反应的药膏来进行治疗，面积比较广泛的需要口服抗过敏药物治疗，减轻过敏反应。所以，在治疗之前，需要先到医院的皮肤科进一步确定病情。