感染衣原体可引起咽喉炎、支气管炎、肺炎、沙眼、包涵体结膜炎和泌尿生殖系统感染。肺炎衣原体感染主要引起咽喉炎、支气管炎、肺炎，表现为发热、咽喉痛、持续咳嗽、声音嘶哑和全身不适，尽管病变较轻，但恢复较慢，可伴有咳嗽和全身不适等症状，可持续数周至数月。沙眼衣原体感染可引起沙眼、包涵体结核膜炎和泌尿生殖系统感染。沙眼表现为眼红、痛、流泪、分泌物增多、视力下降。包涵体结膜炎多见于频繁性生活的年轻人，表现为急性滤泡性结膜炎，有眼睑肿胀、结膜充血和黏液脓性分泌物物，伴有耳前淋巴结肿大。泌尿生殖系统感染，可出现尿道炎、附睾炎、前列腺炎，女性的宫颈炎，表现为阴道分泌物增多，尿道刺痒、刺痛，或烧灼感、疼痛以及尿道有分泌物。