金霉素和红霉素的主要区别是：这两种药物是属于不同种类的抗生素，比如说，金霉素是属于四环素类，而红霉素则是属于大环内脂类。这两种抗生素都具有较强的抗细菌的作用。一般情况下，建议患者选用红霉素来进行治疗。因为红霉素的副作用较小，安全性比较高。但是，金霉素杀菌效果相对于红霉素较好。所以，应该根据当地医生的指导下来进行合理的用药。