药物治疗卵巢囊肿可以口服中成药桂枝茯苓胶囊、逍遥丸、妇科调经丸、失笑散等。也可以口服西药，不过吃药前需要明确一下卵巢囊肿的性质，区分是卵巢巧克力囊肿、滤泡囊肿、黄体囊肿、炎症性囊肿、出血性囊肿等。卵巢巧克力囊肿可以口服避孕药甲羟孕酮、米非司酮、孕三烯酮、达那唑等；滤泡囊肿和黄体囊肿可以观察，或者口服避孕药；炎性囊肿可以口服消炎药；出血性囊肿可以口服止血药或避孕药。