痤疮丙酸杆菌在痤疮炎症反应中起重要作用，故针对痤疮丙酸杆菌的抗菌治疗是治疗痤疮特别是中重度痤疮常用的方法之一。无论是外用还是口服抗生素，均可能引起痤疮丙酸杆菌及非痤疮丙酸杆菌耐药，因此规范抗菌药物的选择和疗程或联合其他疗法对提高疗效和预防耐药性十分重要。痤疮的治疗首选的抗生素还是四环素类，如多西环素、米诺环素等。不能使用时可以考虑选择大环内酯类，如红霉素、阿奇霉素、克拉霉素等。抗生素的治疗疗程一般是6到8周。对中重度痤疮患者首选系统治疗药物，重度痤疮特别是炎症较重的在早期阶段可以先使用抗生素，在习惯使用异维A酸或异维A酸疗效不明显时也可以改用抗生素治疗。痤疮变异型如暴发性痤疮和聚合性痤疮可以选择口服的抗生素治疗痤疮，但要基于以下四个条件：第一对痤疮丙酸杆菌要敏感，第二兼有非特异性的抗炎作用，第三，药物分布在毛囊皮脂腺中浓度较高，第四，不良反应较小，包括常见的胃肠道反应、药疹、光敏等。