导致亚甲炎的因素有很多，主要是和病毒感染有关，例如柯萨奇病毒，流感病毒，腮腺炎病毒和腺病毒，这些病毒都可能在患者甲状腺的组织和胚胎发育期间出现病毒性的改变。尤其对于亚甲炎的患者会因为上述病毒感染而出现了甲状腺毒性，患者会在患病之前都有一定的呼吸道感染或者腮腺炎感染的病史，除此之外，亚甲炎还和人体的免疫功能低下有一定的关系，在免疫功能受损或者自身免疫力下降时，也会有此临床症状。另外，亚甲炎还会和内分泌代谢类的疾病有关，例如甲状腺功能失调的时候也容易导致患者罹患亚甲炎。