小便时尿道疼痛这可以由尿道炎引起，也可以由尿道结石、尿道息肉、尿道憩室等疾病引起。所以出现尿道疼痛以后，为了明确病因需要到医院就医，医生会根据临床症状，做出初步的诊断。如果是泌尿系的炎症，需要做尿常规的检查来明确诊断。如果怀疑有尿道结石会伴有排尿困难，尿急的症状，经过X光线或者是CT检查也能明确诊断的。如果是尿道憩室、尿道息肉，这可以通过尿道镜来明确诊断，然后根据病因给予治疗。