大便的时候肛门有疼痛，最常见的原因就是由于存在肛裂的情况。肛裂一般就是在肛门皮肤的位置形成一个裂口，裂口有加深的话，肛门括约肌就会外露，在排便的时候就会出现明显的疼痛，疼痛的性质主要就是类似于刀割一样，或者是撕裂样的疼痛。另外痔疮如果发生了水肿或者是有血栓的形成，也会出现排便时的疼痛，肛门的位置如果存在肛周脓肿或者是直肠粘膜下脓肿这一类感染化脓性的疾病，在排便的过程当中也会出现疼痛，大便的时候有肛门疼痛，还是先要到肛肠科做检查，明确诊断，及早进行治疗。