如果肛瘘患者出现急性感染，可以吃一些抗生素抗感染治疗，应用针对革兰阴性菌的抗生素或广谱抗生素，比如磺胺类药物、庆大霉素以及二、三代头孢菌素或者喹诺酮类等，还可以应用抗厌氧菌的药物治疗，比如甲硝唑、替硝唑等，应用药物应当在肛肠科医师指导下完成。还可以吃一些中药，减轻患者的症状，控制感染，控制病情的发展，可以口服托里消毒饮，起到脱里透毒的作用，口服青蒿鳖甲汤，起到养阴清热的作用，应用药物治疗，不能够彻底的治愈肛瘘。如果想彻底的根治此病，需要行手术治疗。以上方案仅供参考，具体药品使用请结合自身情况在专业医生指导下用药。