阿卡波糖主要α糖苷酶抑制剂，主要是抑制肠道对α糖苷酶对葡萄糖的吸收，延缓它的吸收，使肠道内细菌对葡萄糖产生分解作用，引起胃肠功能紊乱。所以说它的的副作用主要是胃肠功能紊乱，引起腹胀、腹泻、腹痛，极少部分有腹痛，可能引起轻度的肠梗阻。还有极少部分可能引起肝脏的损害，引起转氨酶的升高，停用之后能够缓解。还有很少的一部分人可能出现过敏反应。那么它的副作用主要是胃肠道的，和肛门排气增多，随着时间的延长，这种症状会逐渐的缓解。