衣原体感染性尿道炎患者需要规范的药物治疗，通常需要做分泌物培养，通过分泌物培养可以找到致病微生物。通过药物敏感试验，可以选择有效的抗生素。病人发生衣原体感染时，会出现尿道口刺痛、尿道发痒和尿道口红肿现象，部分病人还会出现尿道刺痒症状。病人出现上述症状时，可以口服盐酸多西环素治疗，还可以口服盐酸米诺环素治疗。发生衣原体感染时，还可以选择对于衣原体有效的抗生素，如左氧氟沙星治疗。多数病人经过上述药物治疗后，尿路感染症状会明显好转，中段尿培养衣原体多数会转阴性。