病因不同，治疗的方法也不同。肺部炎性肉芽肿，首先需要区分细菌引起的炎性肉芽肿，还是结核性肉芽肿，还是真菌性肉芽肿或血管炎性肉芽肿。细菌引起的炎性肉芽肿，主要通过积极地抗感染治疗可以吸收好转，比如用头孢类、青霉素类、喹诺酮类、大环内酯类等等。结核性肉芽肿主要用异烟肼、利福平、吡嗪酰胺、乙胺丁醇等规律地抗结核治疗。真菌性肉芽肿根据真菌种类的不同，可给予不同的抗真菌药物治疗。血管炎性肉芽肿，主要通过糖皮质激素或者免疫抑制剂，或者细胞毒类的药物治疗。