阴茎上长小肉疙瘩原因是比较多的，主要包括以下几个方面：第一、阴茎存在肿瘤，也就是通常所说的阴茎良性肿瘤或者阴茎癌，有可能出现小肉疙瘩，需要进行手术切除。第二、尖锐湿疣，它是一种性传播疾病，容易在包皮、冠状沟、系带等部位出现，需要进行理疗、激光、药物、手术等综合性的处理。第三、存在炎性结节，当出现包皮龟头炎的时候就会出现相应的小肉疙瘩，需要进行抗菌消炎治疗。第四、阴茎如果存在玫瑰疹或者珍珠疹，也会出现小肉疙瘩，一般不会产生明显的临床后果，不必处理。