首先沙眼衣原体感染包括全身和眼部局部用药和并发症的治疗。一全身治疗，急性期和严重沙眼应全身应用抗生素，一般疗程三到四周，口服四环素，如果忌用四环素可选用强力霉素和红霉素、螺旋霉素等。第二，局部治疗，利福平，金霉素滴眼液滴眼、四环素、红霉素，磺胺等眼膏涂眼，最少十到十二周。第三，并发症的治疗，应针对沙眼导致的并发症进行手术治疗，眼表重建术。