奥美拉唑肠溶片的副作用主要是出现有口干，恶心，呕吐，腹胀，便秘，腹痛，腹泻等等。还可能出现有肝功能的异常，表现为谷丙转氨酶以及谷草转氨酶的轻度增高和胆红素的轻度增高。一般来说肝功能的异常是一过性的异常，停药以后肝功能能够很快的恢复到正常。神经系统的副作用可出现感觉异常，头昏，头痛，嗜睡，失眠以及内分泌系统表现为维生素b12的缺乏，同时，奥美拉唑过敏的患者还可以出现有皮疹的表现。