水利工程质量风险防范措施有：

1、提高风险管理意识;

2、完善风险管理组织结构，政府相关部门应充分发挥相关职能，确保内部审计的独立性为此应明确内审人员职责;

3、认真对待超概算问题。

【法律依据】

根据《水利工程质量管理规定》第六条，水利工程质量实行项目法人负责、监理单位控制、施工单位保证和政府监督相结合的质量管理体制。