滴虫性阴道炎的首选药物为甲硝唑或替硝唑，患者应遵从医嘱，足量足疗程的用药。由于滴虫阴道炎可同时有尿道、尿道旁腺、前庭大腺滴虫感染，想要治愈此病，需要全身用药。同时性伴侣也应该同时治疗，治疗期间禁止同房或同房时使用安全套。真正耐药难治的滴虫阴道炎比较少见，预后差或者反复发作者多数为反复感染导致的。有复发症状的病例多数为反复感染，为了避免反复感染，内裤及洗涤用毛巾最好可煮沸5至10分钟左右以消灭病原体，同时要治疗性伴侣，避免高危性行为。