肛瘘形成的原因通常有以下几种：一、肛腺感染是目前公认的形成肛瘘最主要的原因，肛窦炎导致肛腺管开口充血水肿，肛腺内分泌物排出不畅，导致感染扩散。原发内口继续感染，直肠内的污染物不断从内口进入感染病灶，异物刺激脓腔，使炎症不易消退，分泌物不断从外口溢出，经久不愈。二、如果患者既往行肛肠手术、外伤、注射，行肛门镜等有创检查容易损伤肛管，直肠细菌入侵导致感染形成肛瘘。三、如果患者有糖尿病、白血病、再生障碍性贫血等全身性的疾病，全身免疫力低下容易并发肛瘘。