原虫病的治疗与具体感染病原微生物种类有关。原虫病是由原虫感染所导致，而原虫的种类较多，其治疗方法与具体感染病原微生物种类有关。在临床上，疟原虫导致的感染以及阿米巴原虫导致的感染较为多见。如果为疟原虫感染，其治疗以抗疟治疗为主，如合并寒战、高热等重症感染倾向，需早期进行对症支持治疗。阿米巴原虫消化道感染后，可在医生指导下使用甲硝咪唑等药物进行病因治疗。同时，需严格观察合并症、并发症情况。如合并肠穿孔等严重并发症，需进行手术治疗。