治疗肛瘘的药物方法分为两大类：第一大类就是药物的治疗。药物的治疗可以分为外治，也就是用一些消肿止疼类的药物。另一个就是抗生素，还有一个就是中药的内服。这就是药物的治疗。第二大类主要是手术的治疗。手术治疗的方法有如下几种类型1.是切开引流方法，2.是置管或挂线引流，3.是肛瘘切开术，4.是瘘管剔除术，5.是主灶切开支管旷置术，6.是挂线疗法，7.是是双向等压引流术，8.是瘘管填塞术，9.是Lift术，10.是vsd负压封闭引流技术等一些治疗方案.以上是肛瘘药物治疗和手术治疗常见的方案。