皮脂腺囊肿的危害因人而异。如果平时不对皮脂腺囊肿进行抠抓和挤压刺激，通常不会引起特殊的危害。所带来的不良影响主要是皮脂腺囊肿对于局部美观的破坏，一般不引起疼痛和瘙痒感，也不影响患者的自然寿命。如果对皮脂腺囊肿进行抠抓和挤压刺激，则容易继发细菌感染，会增加皮肤感染性疾病的发病几率，严重的情况下甚至会引起全身性感染。皮脂腺囊肿的根本性质为潴留性囊肿，属于良性病变，而且不存在恶变的可能。只要不继发感染，一般就没有大的危害，总体来说尽早手术切除，预后良好。