肛瘘在发作的期间可以使用中药进行坐浴和熏洗，比较常用的就是有复方荆芥熏洗剂。另外，肛瘘有感染的情况下，可以使用抗生素药物进行对症的治疗，比如说可以使用头孢类的抗生素药物还可以使用替硝唑，奥硝唑等药物进行对症的治疗。另外还可以使用消炎止痛的药栓进行对症的治疗，比较常用的有普济痔疮栓，同时还可以使用马应龙麝香痔疮膏等进行辅助性的治疗。肛瘘是属于肛门周围感染化脓性的疾病，单纯依靠药物治疗起不到根本性治疗的作用，如果想要彻底治疗的话，还是要及早进行手术的治疗。