阿卡波糖常见的副作用是胃肠道的反应，主要引起恶心、腹胀、腹部产气多、排气多、腹部的疼痛、消化不良等等。所谓的常见的副作用指的是发生率大于10%左右，这个在糖苷酶抑制剂，阿卡波糖身上是常见的，因为阿卡波糖是抑制肠黏膜上边的糖苷酶，抑制淀粉类多糖成分转化为双糖乃至单糖的过程，减少和抑制而出现的降糖作用，所以胃肠道的反应是阿卡波糖常见的，对于这样的副反应，建议患者从小剂量开始应用，每餐小剂量应用逐渐耐受，可以加到常用剂量，但如果小剂量都不能耐受的患者，仍然有很大一部分患者不能耐受，不能耐受这种常见的副作用，那只能转换其他类的降糖药物。