孕妇扁桃体发炎时，要谨慎用药，因为所用的药可能对胎儿的生长发育造成不利的影响。如果扁桃体感染的程度较轻，建议暂不用药治疗，希望通过自身的抵抗力，使疾病得到愈合。如果扁桃体炎症状严重，疼痛剧烈，吞咽困难并有全身酸痛、发热等等的现象，可以考虑用抗生素或抗病毒药物治疗，但药物可能影响到胎儿，此时患者以及家属必须在母体的身体健康和胎儿的生长发育是否受到影响之间做出一个抉择。