尿结石形成的机制尚未明确，目前认为有多种因素，如年龄，性别，饮食习惯，遗传因素，环境因素等共同作用所导致。尿结石形成的基本病因，形成基本物质如钙，草酸，尿酸和胱氨酸等浓度过高，导致尿液过饱和，这是尿结石形成过程中最重要的驱动力。尿中结晶抑制因子，如枸橼酸盐，焦磷酸盐和镁等的减少，也是促进结石形成重要因素。如果服用了溶解度比较低且能够诱发结石形成的药物，也能促进结石形成。尿结石分为继发性结石和原发性结石，继发性结石大多是来自于膀胱和上尿路结石，在尿道处受阻所导致的。这种结石成分常常是草酸钙和碳酸钙结石，与结石形成的基础病因有关。原发性结石比较少见，结石在尿道内形成，可能形成于尿道狭窄的近端，尿道憩室内，伴有慢性尿道感染和尿道异物。还可能发生在血吸虫病以及用带毛发的皮肤进行尿道成形术的情况下。