藿香正气水的主要副作用包括恶心、呕吐、皮疹、瘙痒、头晕、潮红、心悸等。由于含乙醇（酒精），有服用后出现过敏性休克的病例；乙醇（酒精）与头孢菌素类（如头孢氨苄、头孢呋辛等）、甲硝唑、替硝唑等药联合使用，可出现双硫仑样反应。藿香正气水的主要功效是解表化湿(解除外感的邪气，祛除体内的湿邪)、理气和中(调理脾胃之气，使脾胃功能顺畅)，用于外感风寒、内伤湿滞或夏伤暑湿所致的感冒，症见头痛昏重、胸膈痞闷、脘腹胀痛、呕吐泄泻；胃肠型感冒见上述证候者。部分患者可能在服用该药后出现恶心呕吐、皮肤瘙痒、心悸（心跳加快，常伴有心慌）、头晕等不良反应。另外，因为该药中含有酒精，所以，不能和头孢菌素类药物同用，否则可能出现颜面潮红、头痛、心悸、血压下降、胸闷、胸痛、气短、呼吸困难、休克等双硫仑样反应。具体用药需要咨询医生意见。