Q热立克次体阳性最重要的治疗是病原学治疗。病原学治疗目前首选的药物是多西环素，治疗疗程不宜过短，过短病情容易复发，但是如果病情复发应用多西环素治疗仍然是有效的。四环素和氯霉素也可以用于Q热病的病原学治疗。如果患者是慢性Q热病，病原学治疗至少要联合两种有效的药物，可以选择多西环素联合利福平治疗，疗程要达到数年。另外，也可以选择的方案是多西环素联合羟基氯喹，替代的治疗方案可以选择多西环素联合氧氟沙星，但是疗程要达到三年以上。Q热病如果合并了心内膜炎，在抗菌治疗效果不好时需要进行人工瓣膜置换术。