上气道咳嗽综合症的治疗首先要针对引起病情反复和加重的诱因，切除反流和炎症反应，必要时给予抗感染治疗，需要使用抗生素，同时，给予辅助减轻鼻腔粘膜水肿的药物，再此基础上辅助抗组胺药房，减轻气道高反应的情况，上气道咳嗽综合症患者常常有慢性鼻炎、鼻窦炎和慢性咽炎的基础，当鼻部的分泌物反流入鼻后或咽部激发的炎症刺激呼吸道咳嗽感受器就会引起顽固持续的咳嗽，不同病因伴有不同的症状，如慢性的鼻窦炎合并上气道综合症的，需要针对鼻窦炎进行左氧氟沙星或者头孢菌素等抗感染治疗，在此基础上给于氯雷他定以及顺耳宁等抗组胺药物改善咳嗽的症状。