引起肛瘘的原因特别多，在临床上大多数都是由直肠、肛管周围脓肿引起的，而且它能够占到所有引起肛瘘的80%以上。直肠、肛管周围脓肿，有的时候可以自己破溃，有的时候做手术进行切开引流，这个术后大多数都会形成肛瘘，瘘口一般就位于肛周的皮肤，有时候还可以形成假性愈合，导致外口间断性的反复破溃流脓，疼痛，红肿。另外，结核和溃疡性直肠炎，包括克罗恩病都可能会引起肛瘘，只是发病率比较低。除此之外，肛管的外伤性损伤，包括恶性肿瘤，也可能会引起肛瘘，只是发病率更低。