首先要查明急性肠炎的病因，根据病因进行处理。急性肠炎可分为细菌感染引起的急性肠炎和非感染性肠炎。对于急性肠炎要先做血常规，如血常规白细胞、中性粒细胞升高，考虑细菌感染，可给予抗生素的处理，常用的抗生素18岁以上可用喹诺酮类的抗生素，如左氧氟沙星、诺氟沙星等，18岁以下可用头孢类的抗生素，如头孢地尼等。急性肠炎时还要给予蒙脱石散剂止泻以及肠道益生菌调整肠道菌群的处理，常用的益生菌有地衣芽孢杆菌、金双歧、双歧四联活菌等，还要给口服补液盐补液的处理，防止脱水。