阴茎根部发痒，考虑是以下几种因素导致的：1、个人的卫生不干净。可能是经常不换内裤，不洗澡等，就会引起浑身发痒，这也是属于正常的生理现象。2、阴茎炎症。当阴茎发炎的时候会有很多细菌滋生，刺激到阴茎的内部，引起阴茎外部皮肤出现瘙痒、疼痛。3、阴茎湿疹。因为阴茎的根部有很多的汗毛，如果运动后经常出汗，没有清洗到位以及细菌的滋生，就可能会出现阴茎根部湿疹。建议患者可以做阴茎常规的检查，如果是阴茎炎症可以选择药物盐酸左氧氟沙星、罗红霉素、红霉素、头孢地尼的治疗；如果是阴茎湿疹，可以选择药物赛康啶、甲硝唑治疗。