不同类型的真菌、感染不同的身体部位，所选择的抗真菌药物也不尽相同。大致有如下几类：1、多烯类药物：如两性霉素B，对深部真菌作用较好，制霉菌素，用于小儿鹅口疮等。2、5-氟胞嘧啶：对隐球菌病、念珠菌病、着色真菌病效果好。3、唑类药物：如外用的克霉唑、咪康唑、益康唑和联苯苄唑等，内服的有伊曲康唑，对甲真菌病、念珠菌病及孢子丝菌病等、氟康唑主要用于肾脏、中枢神经系统等的深部真菌感染等。4、丙烯胺类：特比萘芬等，主要用于甲真菌病和角化过度型手癣。所以，没有最好的抗真菌药物，只有最适合的抗真菌药。