治疗肛瘘，可以通过药物治疗，作为手术治疗的一种辅助治疗手段，通过药物可以控制感染、减轻症状，可以应用中药及西药治疗。口服中药比如托里消毒饮，可以起到脱离透毒的作用，口服青蒿鳖甲汤，起到养阴清热的作用，还可以应用一些中成药物，比如补中益气丸，可以增强机体的免疫力，增强机体的抗病能力。如果肛瘘急性感染期，还可以应用针对革兰阴性菌的抗生素或广谱抗生素，还可以应用抗厌氧菌的药物比如甲硝唑、替硝唑等治疗，还可以应用中药进行熏洗，常用的药物有五倍子汤、苦参汤或止痛如神汤，可以起到清热解毒、消肿止痛的作用。以上方案仅供参考，具体药品使用请结合自身情况在专业医生指导下用药。