头孢菌素的不良反应最有可能出现的就是过敏。出现了过敏反应有可能造成胸闷甚至休克，有可能比较轻,出现轻微的发热、皮肤搔痒或者是皮疹。在应用头孢菌素之前，需要做皮试来减少过敏的可能。头孢菌素可以分一代、二代、三代和四代，一代头孢菌素有可能造成一定的肾脏毒性，相对于氨基糖苷类等其他肾损害比较大的药物，肾损害的毒性相对比较小，只有在大剂量应用的时候才有可能出现，这主要是针对一代头孢菌素，头孢唑林与头孢噻吩造成肾毒性的可能性要高一些。二代头孢菌素到四代头孢菌素肾毒性是逐渐下降的，三代与四代头孢菌素出现肾毒性的可能性就很小。