肾结石直径大于三个公分可以通过泌尿外科手术的方法来进行治疗。对于肾盂、肾盏内的多发结石手术，一次性取结石比较有把握。对于已经有梗阻，并且造成肾功能损害的肾结石，还有肾盂输尿管交界处狭窄的肾盂结石都可以进行治疗。对于直径大于两个公分或者是表面粗糙的肾结石，以及在某一部位停留时间过长，估计已经形成粘连和坎顿的结石都可以进行治疗。对于肾脏有严重的并发症，全身情况不佳的患者，应该选择手术治疗以缩短治疗的周期。对于一些多次经过体外冲击碎石治疗没有成功，或者是采用其他取石方法失败的患者都可以进行手术。