先天性甲状腺功能低下症的处理，包括激素补充治疗以及对症治疗。先天性甲状腺功能低下症通常是由于先天性因素导致患儿甲状腺组织发育障碍，诱发的甲状腺激素水平低下性疾病，一旦明确诊断后，需根据患儿的身高、体重进行甲状腺激素补充治疗，以维持患儿正常的生长发育。在对症治疗方面，则与患儿的临床症状有关。如先天性甲状腺功能低下症发现较早，患儿不合并明显神经系统或其他系统发育障碍，以定期复查甲状腺功能为主。如患儿已合并神经系统及其他系统发育障碍，则需给予相应的智能训练、反应训练以及肢体运动协调能力训练。