肛周脓肿的治疗分为保守治疗和手术治疗。保守治疗针对于刚开始得的肛周脓肿，肿块比较小、范围小、疼痛比较轻、位置比较低的肛周脓肿。患者可以用广谱的抗生素，及时服药，能减轻患者的病情。如果保守治疗无效，尤其对于高位的肛周脓肿或复杂的脓肿，建议手术治疗。手术治疗又分为两种：第一，单纯的切开排脓，也就是所谓的治标。切开排脓只是暂时的解除患者的疼痛，它解除不了患者的根本原因。第二，如果想彻底治好肛周脓肿，只能进行根治性手术治疗。一般建议患者在住院以后，在麻醉师的帮助下，一次性把肛周脓肿彻底根除。这是主要的两种手术方式。