小便痛的原因如下：一、尿路感染。由于尿路黏膜会受到严重刺激，会出现红肿、破溃，受到尿液刺激后，就会引发小便疼痛。同时，还伴有尿频、尿急的症状，需要使用抗生素类药物进行治疗。二、泌尿系统结石。结石在移动时，可能会划伤尿道黏膜，或嵌顿在尿道口，小便就会出现疼痛。同时，还会伴有腰腹部疼痛或肉眼血尿等症状。三、包皮龟头炎。如果男性在日常不注意生理卫生，有不洁净的性生活，可能会导致包皮龟头炎，使尿道口出现红肿、破溃、出血，就会导致小便疼痛。