盐酸小檗碱主要用于肠道感染，比如胃炎、肠炎。小檗碱对细菌只有微弱的抑菌作用，但是对痢疾杆菌、大肠杆菌引起的肠道感染非常有效。在口服小檗碱的同时会出现一些不良反应，比如恶心、呕吐、皮疹和药热，停药后会自行消失。对于溶血性贫血患者及葡萄糖6-磷酸脱氢酶缺乏的患者需要禁用盐酸小檗碱，在使用盐酸小檗碱的时候需要注意，对于妊娠期头三个月的孕妇要慎用。如果服用过量或出现严重的不良反应，应立即停药并就医，如果盐酸小檗碱与其它的药物合用治疗肠道感染，需要咨询医师或药师。