急性非淋菌性尿道炎和淋病的区别在于所感染的细菌不同和临床症状的轻重不同，淋病是由淋病奈瑟菌，简称淋球菌感染所引起，主要表现为泌尿生殖系统的化脓性感染，症状有尿频、尿急及尿道口液脓，也可导致直肠感染和播散性临床感染；淋病潜伏期短，传染性强，可导致多种并发症和后遗症，而非淋菌性尿道炎是由淋球菌之外的其他病原体，包括沙眼衣原体、生殖道支原体、解尿支原体等引起的泌尿生殖道急慢性炎症，临床变现与淋病类似，但程度较轻，常见症状为尿道刺痒、刺痛或烧灼感，少数有尿频、尿痛。