半夜吐酸水与消化性溃疡、反流性食管炎及肠梗阻等疾病有关。消化性溃疡患者，特别是十二指肠溃疡的患者，半夜胃排空后导致肠液分泌增加，反流到胃里。因为十二指肠液中含有胆汁和胰液，会刺激胃粘膜产生烧心、反酸等症状。反流性食管炎的患者夜间平卧时，胆汁刺激胃的壁细胞产生胃酸，胃酸反流进入食管，引起反酸。肠梗阻患者因为肠道压力增高，使十二指肠液返流进入胃内，也会出现反酸症状。