更昔洛韦的副作用主要表现为白细胞和血小板减少是最常见的，少见的有贫血、发热、皮疹和肝功能的异常、浮肿、感染、乏力、心律失常，出现有高血压或者是低血压、思维异常或者是做噩梦、共济失调、昏迷、头昏、头痛、紧张、感觉障碍、精神病、嗜睡、震颤、恶心、呕吐、胃肠道出血、腹痛、低血糖、呼吸困难、脱发、骚痒、荨麻疹、血尿以及尿素氮升高，有巨细胞病毒感染性视网膜炎的艾滋病患者可以出现视网膜剥离。