甲状腺炎如何治疗取决于甲状腺炎的类型和甲状腺的功能。通常情况下除急性甲状腺炎需要使用抗生素治疗外，其它甲状腺炎均无需抗生素治疗。甲状腺功能正常，无明显压迫症状，通常可随诊观察，无需治疗。若肿大的甲状腺压迫邻近器官或影响外观，可服用激素类药物使腺体缩小。若存在甲状腺功能减退，则服用甲状腺素类药物治疗。即使如亚甲炎的一过性甲减，出现甲减症状者也可临时进行激素替代治疗。若出现甲亢，可使用抗甲状腺药物、β受体阻滞剂等治疗。一般甲状腺炎引起的甲状腺机能亢进不需要手术和碘-131治疗。