肛瘘手术术后伤口使用的药物，主要包括两个方面：第一，是抗炎的作用，主要防止肛瘘伤口出现感染，可以使用百多邦软膏、红霉素软膏、金霉素软膏等等。第二，是促进切口愈合，减轻切口局部疼痛的药膏，包括马应龙痔疮膏、龙珠软膏、肛泰软膏以及去腐生肌膏等等。这些药膏大多为中成药制剂，均有消肿止痛、去腐生肌的作用。另外，在肛瘘术后患者切口需要定时换药，换药时也需要使用药物进行切口的清洁与消毒，比如可以使用聚维酮碘溶液，消毒后需要用碘伏纱条塞入切口引流。