治疗肛周脓肿，可以通过药物治疗，也可以通过手术切除，肛周脓肿的治疗在于早期切开引流，这是控制感染的关键。如果早期肛周脓肿没有合并脓液的形成，可以口服仙方活命饮，起到清热解毒、消肿止痛的作用。还可以应用中药进行熏洗，常用的药物有五倍子汤、苦参汤或止痛如神汤，药物加水煮沸，先熏后洗，可以减轻患者的症状，还可以应用抗生素抗感染治疗。治疗肛周脓肿，一旦形成脓液，及时地行手术治疗，可以行肛周脓肿切开引流，也可以行一次性脓肿根治性手术，防止形成肛瘘。