扁桃体炎晨起充血也是一个正常的现象，本身扁桃体发炎就会导致表面的充血肿胀，所以最好是化验一个血常规明确一下是细菌还是病毒感染，比较常见的致病菌还是细菌为主，一般是溶血性链球菌或者是金黄色葡萄球菌等，所以可以选用敏感的抗生素如青霉素类，头孢类或者是大环内酯类的消炎药物来积极的控制炎症，同时可以用淡盐水漱口，另外可以吃一些清凉去火的食物，比如说梨西瓜等，多喝水，多注意休息，慢慢的炎症消退以后充血也自然会消失。